Logo/ lambang Pangudi Luhur diciptakan oleh Bpk. R. Bobby Harry Sutoppo. Beliau adalah guru olahraga SMU Pangudi Luhur I Jakarta. Logo ini diciptakan pada tahun 1966, saat diresmikan penggunaan gedung SMA dan SMP Pangudi Luhur.

        Tujuan penciptaan logo tersebut agar seluruh personel merasa ikut bertanggung jawab terhadap eksistensi/keberadaan sekolah Pangudi Luhur sebagai lembaga pendidikan Katolik yang ingin mendampingi pesert didiknya untuk bisa berkembang secara mandiri / menjadi manusia seutuhnya.

1. Makna warna pada logo Pangudi Luhur.

    a. Warna dasar logo kuning, melambangkan agung luhur, cinta kasih.

    b. Warna biru pada layar yang terbuka melambangkan kedalaman, kelembutan dan perkasa.

    c. Warna merah berarti berani.

    d. Warna putih berarti suci.

    e. Warna hitam berarti tegas dan kuat.

2. Makna salib pada logo Pangudi Luhur.

        Salib dalam logo Pangudi Luhur merupakan lambang bahwa pendidikan di Pangudi Luhur bernafaskan  Iman Katolik. Dasar-dasar pendidikan yang berpegang teguh pada prinsip-prinsip ajaran kristiani, serta berlandaskan kepada Ketuhanan Yang Maha Esa.

3. Makna layar pada Logo Pangudi Luhur.

        Layar terkembang tersebut mengandung makna bahwa "Pendidikan di Pangudi Luhur tidak akan pernah berhenti ataupun surut, melainkan akan maju dan berkembang secara terus-menerus."
Layar terkembang tersebut terbatasi oleh tiga garis yang berwarna hitam secara jelas dan saling berhubungan mengandung makna : "Ing Ngarso Sung Tulodo, Ing Madyo Mangun Karso, Tut Wuri Handayani."

4. Arti Logo secara keseluruhan.

        Secara simbolis Logo Pangudi Luhur tersebut mengandung makna, bahwa "Pendidikan di Pangudi Luhur, mengemban misi pendampingan kaum muda untuk mencapai cita-cita sebagai putra bangsa yang berani, agung dan luhur penuh keperkasaan, dan ketegasan serta kebijaksanaan dengan memegang teguh prinsip-prinsip Kristiani, berdasarkan UUD '45 dan Pancasila tanpa kenal putus asa untuk maju terus pantang mundur.